肾结石常由于饮水过少或由于摄入过多的草酸饮食。大约90%的结石病人是草酸钙结石，多数病人由于摄入过多的嘌呤饮食容易形成尿酸结石，由于尿酸结石病人同时会出现痛风症状，所以痛风病人容易形成尿酸结石。此外由于摄入钙和草酸较高时，也容易形成草酸钙结石。甲状旁腺病人会出现血钙增高、尿钙增高，形成过饱和状态，形成草酸钙或碳酸钙结石，所以甲状旁腺病人也会出现泌尿系结石反复发生的现象。

肾结石可分为代谢性结石和非代谢性结石：

代谢性结石：常见的包括草酸钙结石，主要由于草酸代谢异常导致；尿酸结石，主要由于肥胖、尿酸代谢异常、嘌呤代谢异常导致；胱氨酸结石主要与人体某些酶的缺乏有关。

非代谢性结石：成因主要是尿路感染，好发于女性。这是由于女性尿道较短，细菌进入膀胱或者肾脏输尿管，引发感染产生结石。

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